Στη χώρα μας η πρώτη διοικητική δραστηριότητα στον τομέα της πολιτικής αεροπορίας αναπτύσσεται από το 1924 όταν το τότε υπουργείο ΤΤΤ συνήψε την πρώτη διμερή αεροπορική συμφωνία. Η πρώτη οργανωμένη υπηρεσία ιδρύεται το 1926 και το 1929 συστήνεται στο υπουργείο Ναυτικών η υπηρεσία Συγκοινωνιακών Ναυτικών Αερολιμένων. Η ουσιαστική όμως οργανωτική προσπάθεια έγινε με τους ν. 5017/31 και 5100/31 με τους οποίους η υπηρεσία διαρθρώνεται κατά τρόπο που να αποτελείται από την κεντρική υπηρεσία με μία διεύθυνση, την εξωτερική υπηρεσία που περιλαμβάνει τους κρατικούς αερολιμένες, τα δημοτικά και κοινοτικά αεροδρόμια και την υπηρεσία Διεθνών Αεροπορικών Οργανισμών.
Περί τα έτη 1946-1948 αναμορφώνεται το σχήμα της και προκύπτει η κρατική υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας σε επίπεδο γενικής διεύθυνσης, υπαγόμενη στον αρχηγό ΓΕΑ (Α.Ν. 970/46, Β.Δ. 615/46, Ν.Δ. 634/48).
Το 1952 με Β.Δ. μεταφέρεται από το υπουργείο Αεροπορίας στο υπουργείο Συγκοινωνιών και ονομάζεται Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας. Λειτουργεί ως το 1960, οπότε εκδίδεται το Β. Δ. 856/60 «περί Οργανισμού της ΥΠΑ» το οποίο αποτελεί τον πρώτο πλήρη οργανισμό από την υπαγωγή της στο υπουργείο Συγκοινωνιών. Με τις διατάξεις του η υπηρεσία διαρθρώνεται στην κεντρική υπηρεσία και στις περιφερειακές υπηρεσίες.
Στη συνέχεια με περαιτέρω οργανωτικές προσπάθειες επιδιώκεται ο λειτουργικός εκσυγχρονισμός της (Ν.Δ. 4195/61, Ν. 4464/65, Ν.Δ. 169/69), οπότε με στόχο την εξασφάλιση μεγαλύτερης ευελιξίας και αποδοτικότητας εκδίδεται το Ν.Δ. 714/70, με το οποίο συστήνονται δύο ξεχωριστοί φορείς:
α) Η διεύθυνση Εναερίων Μεταφορών (ΔΕΜ) στο υπουργείο Συγκοινωνιών με αρμοδιότητες την εισήγηση προς διαμόρφωση της πολιτικής επί των αερομεταφορών και την εποπτεία της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας ( ΥΠΑ) και
β) Η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, ως αυτοτελής και ανεξάρτητη δημόσια υπηρεσία, με διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια, εποπτευόμενη από τον υπουργό Συγκοινωνιών και διοικούμενη από Διοικητικό Συμβούλιο, Διοικητή και Υποδιοικητή.
Στη συνέχεια καταργείται το Δ.Σ. της υπηρεσίας με το π.δ. 444/1976 και ψηφίζεται ο ν. 1340/83 με τον οποίο τροποποιείται το ν.δ. 714/70 και η ΥΠΑ μετατρέπεται σε δημόσια υπηρεσία του υπουργείου Συγκοινωνιών. Διοικείται από τον διοικητή και τον υποδιοικητή.
Αποστολή της είναι η οργάνωση, η ανάπτυξη και ο έλεγχος των αερομεταφορών της χώρας και οι αρμοδιότητές της είναι κανονιστικές, ρυθμιστικές και επιχειρησιακές. Η διάρθρωσή της σε κεντρική υπηρεσία και περιφερειακές υπηρεσίες εξακολουθεί να υφίσταται και περιγράφεται στον Οργανισμό της (π.δ. 56/89). Μεταγενέστερα επήλθαν αλλαγές στη δομή της με σημαντικότερη την παραχώρηση του αερολιμένα Αθηνών και τη δημιουργία του Διεθνούς Αερολιμένα Αθηνών δυνάμει σύμβασης που κυρώθηκε με το ν. 2338/1995.
Αργότερα, στο πλαίσιο εναρμόνισης της χώρας με τον ΕΚ 549/2004 που επιτάσσει το κράτος να είναι ανεξάρτητο από τους φορείς παροχής υπηρεσιών αεροναυτιλίας, ψηφίζεται ο ν. 3913/2011 και προωθείται ο λειτουργικός διαχωρισμός της ΥΠΑ. Συστήνεται η Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας (ΓΦΠΥΑΝ) με αρμοδιότητες την παροχή υπηρεσιών αεροναυτιλίας και η Κανονιστική Διεύθυνση με αρμοδιότητες κανονιστικές. Ακόμη βάσει των προβλέψεων του ίδιου νόμου παραχωρούνται στη Fraport τα αεροδρόμια Ακτίου, Θεσσαλονίκης, Ζακύνθου, Καβάλας, Κέρκυρας, Κεφαλληνίας, Κω, Μυκόνου, Μυτιλήνης, Ρόδου, Σάμου, Σαντορίνης, Σκιάθου και Χανίων.
Σήμερα, η ΥΠΑ ουσιαστικά λειτουργεί ως ενιαία, σε λειτουργικό διαχωρισμό, δημόσια υπηρεσία βάσει του ν.δ. 714/70, του ν. 1340/83, του ν. 3913/2011 και του π.δ. 56/89 και αποτυπώνεται στο οργανόγραμμά της. Με την παρ. 2 του άρθρου 26 του ν. 4427/2016 συστήθηκαν οι θέσεις του υποδιοικητή Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων και του Υποδιοικητή Αεροναυτιλίας, οι οποίοι ήδη ασκούν τα καθήκοντά τους.